En cas d'allergie à la chlorhexidine ou à la famille des ammoniums quaternaires ou à l’un des autres composants contenus dans ce médicament, une application dans le conduit auditif en cas de perforation tympanique, dans les yeux, sur les muqueuses en particulier génitales et une utilisation pour la désinfection du matériel médico-chirurgical sont des contre-indications à l'usage de la solution antiseptique.
 Avant d'utiliser un instrument électrique, il faut laisser sécher la solution, en raison d'un risque de brûlure.
De plus, la solution antiseptique ne doit pas être utilisée sur une grande surface, sous pansement occlusif, sur une peau profondément brûlée, une peau de prématuré ou de nourrisson, en raison des risques de passage dans la circulation générale.
Ne pas associer plusieurs antiseptiques en même temps, car il y a un risque inefficacité par la suite.
Les femmes enceintes ou allaitantes doivent demander conseil avant d'employer la solution Biogaran Chlorhexidine Benzalkonium Alcool Benzylique